MDaemon AntiVirusオプションをお使いの環境では、
デフォルトでスキャンできないファイルを隔離する設定となっているため、
パスワード付ZIPが隔離されていると考えられます。
MDaemonの管理画面より
[セキュリティ]->[AntiVirus設定]->[AntiVirus]画面を開いていただき、
1) “スキャンできないメッセージを隔離”のチェックをOFFにして頂き、
添付ファイルのウィルスチェックを
クライアントPC側のウィルスチェックで 行って頂く。
もしくは、
2) 同画面内の上部にございます、「除外設定」ボタンにて、
“これらのアドレスからのメッセージを除外する”へ
*@ドメイン名 のアドレスをご登録頂く
のいずれかが、サーバ側で行える対応となります。