MDaemon\Logフォルダの容量が大きくなっており、不要な古いログは削除しておきたいのですが、ログの削除を自動で行う事はできますか?

はい、指定した日数を経過したログについては、MDaemon上で自動削除できます。

具体的には、MDaemonの管理画面から、
[設定]->[デフォルトドメインとサーバ]->[ロギング]->[メンテナンス]画面
にて、古いログファイルを自動的に削除する設定を行って頂けます。

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