IMAPでMDaemonを使用する場合、メールボックスのサイズに上限はありますか？

（サーバーのディスク容量の範囲であれば）メールボックスに制限はありません。

また、アカウント単位やグループ単位で、管理者が各ユーザのメールボックス容量に「クォータ設定」という容量制限をかけることが可能です。