MailStore Proxyは単体で使用できますか？

いいえ、単体ではご使用になれません。

MailStore Proxyは、MailStore Serverにメールアーカイブを行う際の、データの取り方の１つであるためです。

MailStore Proxyの役割は、その名の通り、メールの仲介をしながら、MailStore Server に送受信メールを集約するための方法の１つとなっています。

SMTP/POPの通信を仲介しながら、そのメールのコピーを保存しておき、定期的にMailStore Serverへ引き渡すことで、送受信メールのアーカイブやその後の検索・閲覧を行えるようにするものです。

端的に申し上げますと、
MailStore Proxyは、送受信メールのコピーを保存しておくサーバーで、
MailStore Serverは、MailStore Proxyも含めたすべてのメールを恒久的に保存し、検索・閲覧・再配信を行えるようにしたトータル的な制御を行えるサーバーとなっております。