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【ご質問】

MDaemonをインストールしているドライブの空き容量がひっ迫しているため、
その対策を検討中です。

MDaemonフォルダ配下にあるファイル、サブフォルダはNTFS圧縮しても問題ないでしょうか?
特に、Users、Queuesフォルダが肥大化しており、こちらの使用量を削減したいと考えております。

【ご回答】

MDaemonは、メール送受信や閲覧などで、かなりのファイルI/Oが発生します。
NTFS圧縮を有効にしても動作しますが、圧縮・展開処理によりパフォーマンス低下の可能性があるため、
利用は推奨いたしません。
(特にUsers、QueuesフォルダはファイルI/Oの多いフォルダになります。)

ディスク容量を減らすのでしたら、Logs/OldLogs フォルダ内の過去のログファイルを
別のドライブに移して、容量を開ける方法が有効かと思います。

また、Queuesフォルダは、基本的にメール配信のためのキューで、
メール配信が終わると、キュー内のデータは無くなっていきます。
もし、Queuesフォルダが大きい場合、Badキューにメールが溜まっていることが
考えられます。こちらは、何らかの理由でメール配信ができなかった際のキューで
Badキュー内のメールをご確認頂き、過去のメールを整理することも有効です。