MDaemonでスパムメールとみなされたメールは、デフォルトでアーカイブ対象から外されています。
スパムメールは、アーカイブの設定画面から「スパムと判定されたメールをアーカイブへ含む」のオプションを有効にすることで、 アーカイブが可能になります。