MDaemon\Logフォルダの容量が大きくなっており、不要な古いログは削除しておきたいのですが、ログの削除を自動で行う事はできますか？

はい、指定した日数を経過したログについては、MDaemon上で自動削除できます。

具体的には、MDaemonの管理画面から、[設定]->[サーバ設定]->[ロギング]->[メンテナンス]画面より、”この日数より古いログアーカイブを削除する”の項目にて、古いログファイルを自動的に削除する設定を行って頂けます。