MDaemonとActiveDirectoryの連携を検討しています。一部のユーザのみメールを利用する予定ですが、メールアドレスを設定したユーザだけをMDaemonへ連携することはできますか？

はい。MDaemonのActive directoryオプションの検索フィルタで指定することができます。

MDaemon管理コンソールから、[アカウント] -> [アカウント設定]から、
[Active Directry] – [オプション] を開きます。
検索フィルタ欄に、以下のように「(mail=*)」を追加します。

　変更前) (&(objectClass=user)(objectCategory=person))
　変更後）(&(objectClass=user)(objectCategory=person)(mail=*))

これにより、Active Directory上のユーザープロパティの「電子メール」フィールドに
アドレスが設定されているユーザーのみがMDaemonへ連携されるようになります。