MailStore Serverのライセンスは、共有のメールボックスやパブリックフォルダも1ライセンスとしてカウントされますか?

カウントされません。

共有のメールボックスやパブリックフォルダはライセンス数の追加を行わずアーカイブを行うことができます。

ただし、アーカイブ対象外のユーザーからこれらのメールアーカイブにアクセスする必要がある場合は、追加のライセンスが必要となります。