MailStore Serverを使って、特定の件名を含むメールだけをアーカイブしたいと思っています。フィルタリングの機能はありますか?

恐れ入りますが、MailStoreはアーカイブに特化した製品となっているため、フィルタリングの機能は持っていません。

あらかじめMailStore Clientでフォルダを作成し、アーカイブの検索で表示されたメールをドラッグアンドドロップなどの手動操作で管理することは可能です。