MSFCでMDaemonの冗長化を行う場合、MDaemonライセンスは2台分必要ですか？

いいえ、違います。
MDaemonのライセンスは同時に稼働しているサーバー台数毎に必要ですので、一方のサーバーに障害が発生した場合のみ待機サーバーが稼働する運用であれば、MDaemonライセンスは1台分で構いません。