MailStore Serverは、社内と社外宛ての全ての送受信メールをアーカイブできますか？

はい。アーカイブすることができます。

方法としては、1. メールサーバー上で、「マルチドロップメールボックス（ジャーナルメールボックス）」を構成する、 2. メール経路に流れるメールをキャプチャする、 の2つの方法があります。
「マルチドロップメールボックス（ジャーナルメールボックス）」はそのサーバーで送受信される全てのメールがコピーされる特殊なメールボックスです。ご使用のメールサーバーが「マルチドロップメールボックス（ジャーナルメールボックス）」の構成に対応している場合は、メール経路の変更等が不要の為、簡単に実装することができます。

 
このようなメールボックスが利用できない場合は、無償で提供される「MailStore Proxy」というコンポーネントを利用することができます。「MailStore Proxy」はSMTP/POP3の通信を中継すると同時にメールをキャプチャします。そのメールデータをアーカイブすることで、送受信メールを漏れなくアーカイブすることができます。